L’administration du système ISBN à l’intérieur d’un groupe d'enregistrement incombe à l'agence d'enregistrement de l’ISBN, qui peut opérer à l’échelon national, régional, linguistique, ou à un autre niveau de responsabilité, selon l'affectation du groupe. 

Il peut y avoir plusieurs agences nationales au sein d’un groupe (par exemple le groupe 978-0 et 978-1 a des agences distinctes en Australie, dans la partie anglophone du Canada, en Grande-Bretagne, aux Etats-Unis, etc.). 

Les éditeurs doivent faire leur demande d’un numéro d’identification auprès de l’agence d’enregistrement ISBN opérant là où ils sont basés. Celle-ci fournira les formulaires et les conseils dont les éditeurs ont besoin pour leur demande d’ISBN. Certaines agences d’enregistrement ISBN facturent ces services mais, indépendamment de ce fait, vous devez néanmoins toujours faire la demande à l’agence dont vous dépendez.