La administración del Sistema ISBN dentro de un grupo de registro es responsabilidad de la agencia de registro del ISBN. La agencia de registro del ISBN puede operar a nivel nacional, regional, lingüístico u otra división razonable de responsabilidad de acuerdo con las bases de creación del grupo.

Dentro de un grupo puede haber varias agencias nacionales (por ejemplo, el identificador de grupo 978-0 y 978-1 tiene agencias independientes en Australia, el Canadá anglófono, el Reino Unido, los Estados Unidos, etc.).

Los editores deben solicitar los ISBN a la agencia de registro que opera donde están raadicados. La agencia de registro del ISBN proporcionará a los editores todo tipo de formularios y de orientación que necesiten para recibir ISBN. Algunas agencias de registro cobran una cuota por la asignación de los ISBN, pese a lo cual tiene que solicitar los ISBN a la agencia que opere donde vive.